Il microbiota polmonare o microbioma polmonare, è la comunità microbica polmonare costituita da una complessa varietà di microrganismi presenti nel tratto respiratorio inferiore in particolare sullo strato mucoso e sulle superfici epiteliali. Questi microrganismi includono batteri, funghi, virus e batteriofagi. La parte batterica del microbiota è stata studiata in dettaglio, esso consiste in un nucleo di nove generi: Prevotella, Sphingomonas, Pseudomonas, Acinetobacter, Fusobacterium, Megasphaera, Veillonella, Staphylococcus e Streptococcus.[1][2][3]
Questi sono aerobi, ma anche anaerobi e batteri aerotolleranti. Le comunità microbiche sono molto variabili in particolari individui e si compongono di circa 140 famiglie distinte. L'albero bronchiale, ad esempio, contiene una media di 2000 genomi batterici per cm2 di superficie. I batteri nocivi o potenzialmente dannosi vengono rilevati routinariamente nei campioni respiratori. I più significativi sono Moraxella catarrhalis, Haemophilus influenzae e Streptococcus pneumoniae. Sono noti per causare disturbi respiratori in particolari condizioni, specie quando il sistema immunitario umano è compromesso. Il meccanismo con cui persistono nelle vie aeree inferiori in individui sani è sconosciuto.
I generi fungini che si trovano comunemente costituiscono il micobioma polmonare, nel microbiota del polmone, e includono Candida, Malassezia, Neosartorya, Saccharomyces e Aspergillus, tra gli altri.[4][5]
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